As origens de Tabatinga remontam ao século XVII, quando jesuítas fundaram uma aldeia na foz do rio Solimões. Em 1766, o capitão Fernando da Costa Ataíde Teive estabeleceu um posto militar e fiscal no local, formando também um ponto de guarda de fronteira entre os domínios de Portugal e Espanha. A povoação passou a ser conhecida como São Francisco Xavier de Tabatinga.

Entre os povoados de fronteira criados na época, como Vila Ipiranga e Vila Bittencourt, apenas Tabatinga prosperou. Em 28 de junho de 1866, foi fixado o marco dos limites entre Brasil e Peru próximo ao povoado. Inicialmente pertencente a São Paulo de Olivença, Tabatinga passou a integrar o município de Benjamin Constant em 1898, após o desmembramento deste.

Com a Lei Federal nº 5.449, de 4 de junho de 1968, Benjamin Constant, incluindo Tabatinga, foi classificado como Área de Segurança Nacional. A emancipação política ocorreu em 10 de dezembro de 1981, pela Emenda Constitucional nº 12 do Amazonas, com instalação oficial do município em 1º de janeiro de 1983.

Hoje, Tabatinga é reconhecida por sua posição estratégica na tríplice fronteira Brasil–Colômbia–Peru, consolidando-se como polo militar, comercial e cultural do Alto Solimões.

O município está localizado na Calha do Alto Solimões.