O município de São Paulo de Olivença foi criado pela Lei Provincial nº 83, de 4 de abril de 1852, com origem em uma missão fundada em 1689 pelos jesuítas espanhóis, no contexto das disputas entre Portugal e Espanha pela região do Alto Solimões. O nome é uma homenagem a São Paulo Apóstolo e à cidade espanhola de Olivença, referência trazida pelos missionários.

O povoamento cresceu às margens do rio Solimões, atraindo diferentes povos indígenas, como Tikuna e Kokama, e consolidou-se no século XIX como ponto estratégico de comércio regional, especialmente durante o ciclo da borracha. Até hoje, mantém uma forte identidade indígena e ribeirinha, que se reflete na língua, na cultura e nas práticas produtivas.

O município está localizado na Calha do Alto Solimões, em posição fronteiriça com o Peru e próximo da Colômbia, desempenhando papel histórico de integração internacional.