As origens de Juruá estão ligadas aos municípios de Tefé e Carauari, cuja vasta extensão territorial abrigava diversos povos indígenas, como Meneruás, Maranás, Canamaris, Catuquinas e Catauixis. Após a consolidação do domínio português no século XVII, Tefé se tornou sede de uma grande área que, com o tempo, foi sendo desmembrada para dar origem a novos municípios.

Em 1857, o explorador João da Cunha Ferreira percorreu o rio Juruá a serviço do governador Tenreiro Aranha, intensificando as visitas oficiais e a colonização da região. O ciclo da borracha e a grande seca nordestina de 1877-1878 atraíram milhares de migrantes que se fixaram às margens do rio, dando início ao povoamento efetivo.

O município foi criado oficialmente em 19 de dezembro de 1955, pela Lei Estadual nº 96, com território desmembrado de Tefé e Carauari. A sede, antes chamada Paranaguá do Norte, foi elevada à categoria de vila e passou a se chamar Juruá, nome que deriva do rio homônimo e, em tupi, significa “boca do jacaré”. Hoje, o município integra a Calha do Triângulo, mantendo sua economia baseada no extrativismo, pesca e agricultura familiar.