Os registros de povoamento da região de Itacoatiara remontam a 1683, quando padres jesuítas fundaram o núcleo urbano inicial, após a criação da Missão dos Aroaquis pelo Padre Antônio Vieira, na Ilha de Aibi. Em meados do século XVIII, frei João Sampaio organizou aldeias às margens do rio Madeira, mas ataques indígenas e a busca por terras férteis levaram à transferência da população para outras áreas, até que, em 1757, Mendonça Furtado estabeleceu a comunidade na margem esquerda do rio Amazonas, onde se encontra a atual cidade.

Elevada à condição de vila em 1759, recebeu o nome de Serpa, tornando-se uma das primeiras vilas do Amazonas. Apesar de ter sido suprimida em 1833 e afetada pela Cabanagem, foi restaurada em 1857. Em 25 de abril de 1874, pela Lei Provincial nº 283, foi elevada à categoria de cidade, adotando o nome Itacoatiara, palavra tupi que significa “pedra pintada”, em referência às inscrições rupestres encontradas no bairro Jauary.

No século XX, a cidade foi palco da Batalha Naval de 1932, durante a Revolução Constitucionalista, e destacou-se como centro estratégico regional. Já no século XXI, Itacoatiara foi integrada à Região Metropolitana de Manaus em 2007, consolidando-se como a segunda maior economia do estado e o município mais populoso do interior do Amazonas.