O município de Guajará está localizado na calha do rio Juruá. Sua formação remonta ao final do século XIX, período marcado pela expansão da economia da borracha, quando seringueiros nordestinos chegaram à região em busca de melhores condições de vida. Antes disso, a área era ocupada por povos indígenas.

Foi desmembrado de Ipixuna e elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 1.129, de 19 de dezembro de 1955, sendo instalado oficialmente em 1956. O nome “Guajará” é de origem indígena, termo usado em nheengatu para designar uma espécie de árvore comum na região, além de significar também “enseada” ou “lugar abrigado”.