O município de Fonte Boa está situado na calha do rio Solimões. Sua origem remonta ao século XVIII, quando a região começou a ser ocupada por colonizadores portugueses e missionários, em território habitado por povos indígenas. Foi inicialmente uma povoação de apoio à navegação no rio Solimões, consolidando-se durante o ciclo da borracha, no século XIX, com a chegada de migrantes atraídos pela extração do látex.

A elevação à categoria de município ocorreu pela Lei Provincial nº 255, de 1º de abril de 1891, desmembrado de Tefé. O nome “Fonte Boa” teria origem em uma nascente de águas cristalinas encontrada pelos primeiros colonizadores, que passou a identificar a localidade.