Canutama está localizado na calha do rio Purus e tem sua origem ligada às expedições de colonização no século XIX. O povoado surgiu por volta de 1874, em território habitado por povos indígenas, sendo elevado à categoria de município pela Lei Provincial nº 179, de 4 de maio de 1874, desmembrado de Lábrea.

O nome tem origem indígena e significa “terra de pedras”, em referência a formações naturais encontradas na região. Durante o ciclo da borracha, Canutama recebeu migrantes nordestinos, tornando-se um importante centro extrativista. Hoje, a economia local continua ligada ao extrativismo, pesca e agricultura de subsistência.