A história de Tapauá teve início com a criação do distrito de Boca do Tapauá, instituído pela Lei Estadual nº 176, de 1º de dezembro de 1938. Entre 1939 e 1943, o distrito esteve subordinado ao município de Canutama.

A emancipação política ocorreu pela Lei Estadual nº 96, de 19 de dezembro de 1955, que elevou Boca do Tapauá à categoria de município, com a denominação atual. O nome é uma homenagem ao rio Tapauá, afluente do rio Purus, e tem origem indígena, também designando uma espécie de palmeira comum nas várzeas e igapós da região.

O município está localizado na Calha do Purus, com território vasto e marcado pela floresta, rios e lagos que sustentam as comunidades ribeirinhas.