O município de Santo Antônio do Içá foi criado pela Lei Estadual nº 96, de 19 de dezembro de 1955, sendo instalado oficialmente em 1956, com território desmembrado de São Paulo de Olivença. Seu nome tem origem no santo padroeiro Santo Antônio e no rio Içá (afluente do rio Solimões, também conhecido como rio Putumayo), que banha a região.

O povoamento do território remonta às missões religiosas do período colonial, que buscaram catequizar os povos indígenas do Alto Solimões. Ao longo do século XIX, a economia local foi marcada pelo extrativismo e pela presença de seringais, recebendo também migrantes atraídos pelo ciclo da borracha. Hoje, Santo Antônio do Içá mantém forte identidade ribeirinha, com a pesca, a agricultura de subsistência e o extrativismo ainda centrais para a vida das comunidades.

O município está localizado na Calha do Alto Solimões.