As origens de Rio Preto da Eva estão ligadas à abertura da estrada Manaus–Itacoatiara, em meados da década de 1960, quando o DER/AM iniciou os trabalhos de topografia e desmatamento para viabilizar a rodovia. A notícia atraiu famílias de comunidades ribeirinhas próximas, como Rubim e Tiririca, além de migrantes de Manaus, que se fixaram às margens da estrada em busca de terras para agricultura, formando uma colônia.

Em 12 de abril de 1961, durante o governo de Gilberto Mestrinho, a localidade foi elevada à categoria de município com o nome de Eva, tendo sede em um sítio homônimo às margens do Rio Grande. Entretanto, em 4 de junho de 1964, no governo Artur César Ferreira Reis, o município foi extinto, voltando à condição de colônia agrícola.

Nessa fase, Rio Preto da Eva consolidou-se como polo agrícola, com destaque para a produção de farinha de mandioca, feijão, arroz, milho, abacaxi e cupuaçu. Iniciativas da SEPROR ajudaram no transporte da produção para Manaus e na organização dos colonos. A chegada de famílias nordestinas, a instalação da Fundação Kennedy em 1967 e a construção de uma ponte de concreto em 1969 fortaleceram o desenvolvimento da comunidade.

Em 10 de dezembro de 1981, pelo governo estadual, a colônia foi novamente elevada à categoria de município, desta vez com o nome de Rio Preto da Eva, em referência às águas escuras do rio que banha a região e ao Paraná da Eva. A instalação oficial ocorreu em 1982, marcando a autonomia administrativa da localidade.

O município está localizado na Calha do Rio Negro/Solimões.