As origens de Manaquiri remontam a séculos atrás, quando a região era habitada por povos indígenas, em especial os Mura. O nome vem de raízes indígenas: “Manah” (planta medicinal) e “kiri” (cabeça pequena), mas também está associado à lenda da formiga, em que “Maraquiri” significa “formiga de cabeça pequena”.

O povoamento ganhou impulso no século XIX, especialmente após a seca nordestina de 1877, que atraiu migrantes para a região. O naturalista britânico Alfred Russel Wallace esteve em Manaquiri em 1849 e descreveu no livro Viagens pelos rios Amazonas e Negro sua estadia de dois meses no local, então uma pequena fazenda do português Antônio José Brandão, que produzia fumo, cana-de-açúcar e frutas tropicais. A localidade ficou conhecida como Vila do Jaraqui, às margens do rio homônimo.

Em 23 de outubro de 1985, pela Lei nº 1.707, a vila foi elevada à categoria de cidade com o nome de Manaquiri. Hoje, o município mantém a herança cultural ribeirinha e indígena, destacando-se pela agricultura, sendo conhecido como a “terra da batata e da laranja”, um dos maiores polos produtores do estado.