As origens de Jutaí remontam ao século XVII, quando o jesuíta Samuel Fritz fundou a aldeia de Tefé, núcleo inicial que posteriormente deu origem a diversos municípios após os desmembramentos de sua imensa área territorial. A região foi alvo de disputas entre portugueses e espanhóis, consolidando-se sob domínio luso no final do século XVIII.

Com a criação do município de Fonte Boa em 1891, parte do território de Tefé foi redefinida. Décadas depois, em 19 de dezembro de 1955, pela Lei Estadual nº 96, aproximadamente metade do território de Fonte Boa foi desmembrado para formar o novo município de Jutaí, cuja instalação oficial ocorreu em 11 de abril de 1956. Situado na Calha do Triângulo, Jutaí mantém forte ligação com a vida ribeirinha, a pesca e o extrativismo vegetal, sendo um dos maiores municípios em extensão territorial do estado.