O território de Atalaia do Norte era originalmente habitado pelos povos mangeronas, ticunas e marubas. Em 1938, foi criado o distrito de Remate de Males, subordinado a Benjamin Constant. Em 19 de dezembro de 1955, pela Lei Estadual nº 96, o distrito foi elevado à categoria de município com o nome atual.

O município se destaca por sediar a Terra Indígena Vale do Javari, uma das maiores reservas indígenas do mundo, que abriga a maior concentração de povos isolados conhecidos. Sua história está ligada às dinâmicas de fronteira e à presença indígena que marca profundamente sua identidade.

Atalaia do Norte integra a Calha do Javari, região estratégica do Amazonas, caracterizada pela biodiversidade e pela riqueza cultural de seus povos tradicionais.