O município de Anori teve sua origem vinculada ao vizinho Codajás. Pelo Decreto Estadual nº 1.186, de 31 de dezembro de 1943, foi criado o distrito de Anori, ainda subordinado à administração de Codajás.

Em 29 de dezembro de 1956, pela Lei Estadual nº 117, o distrito foi elevado à categoria de município, conquistando autonomia administrativa e formando a estrutura política que deu origem ao atual município.

O nome Anori deriva do nheengatu “Uanuri” ou “Wanury”, regionalmente conhecido como “Ánory”, que significa “tracajá macho”, espécie de quelônio muito comum na região amazônica.