O povoamento da região que hoje corresponde a Anamã começou por volta de 1936, com a chegada de seringueiros vindos do Acre e de fazendeiros que já ocupavam a área desde o século XIX.

Em 1968, a localidade foi elevada à condição de distrito e, em 1976, tornou-se distrito subordinado ao recém-criado município de Anori. A emancipação política ocorreu em 1981, por meio da Emenda Constitucional nº 12, e as primeiras eleições municipais aconteceram em 1982, com a instalação oficial do município em 1983.

O nome Anamã tem origem na língua nheengatu, também conhecida como tupi moderno, e remete às tradições indígenas da região. Em 2017, foi instituído oficialmente o dia 31 de janeiro como aniversário do município, em referência à data de sua instalação.